穆德（DavidDuchovny大衛?杜楚尼飾）被外星反叛者劫持，而斯科莉（GillianAnderson吉蓮?安德森飾）亦同時發現自己懷有身孕。穆德的辦公室被搜查，斯科莉請求Skinner（MitchPileggi飾）幫助尋找搭檔，孤槍俠也參與進來。FBI高層則派出探員約翰?多格特（RobertPatrick羅伯特?帕特立克飾）協助調查，但兩個人的初次會面不歡而散。調查局發現穆德的單位密碼和信用卡在失蹤后的幾天都有使用紀錄，甚至發現了刻有穆德生卒年月的墓碑。多格特認為穆德假裝失蹤，以便盜取資料獨自調查。案情愈加撲朔迷離……